Como se puede apreciar fácilmente, en el trasfondo de esta guerra estuvo el movimiento indígena que se independizó muy pronto del control de los federales para actuar por cuenta propia. Zarate Willka, bautizado “el temible” por la prensa, buscó un gran levantamiento del altiplano y valles que reivindicara a los indios y organizara una nueva sociedad. Si bien los objetivos no están claramente explicados, el reclamo secular agudizado por los abusos de las dos últimas décadas a partir de las leyes de ex vinculación, llevaron las cosas al punto de la explosión. Si Pando usó a Willka y sus huestes, éste aprovechó la alianza para desplegar un poder que en condiciones normales no habría podido organizar nunca. Las acciones indígenas contra tropas federales pusieron en alerta a la junta y se inicio la represión. Los hechos de Ayo ayo, Mohoza, la insurrección de Peñas, la amenaza de un cerco sobre Oruro en febrero y marzo de 1899 y las acciones de sublevación en más de una veintena de localidades en tres departamentos del país, decidieron a Pando. El Temible Willka había demostrado valor, don de mando y dureza en acciones verdaderamente exitosas comandando a miles y miles de indios. El 22 de Abril de 1899, Zarate y su estado mayor fueron hechos prisioneros en Sicasica, con lo que se desbarató la cabeza del movimiento que fue reprimido y disuelto sin contemplaciones. Así se cerró uno de los momentos más dramáticos del enfrentamiento entre la elite de poder y la mayoría aimara y quechua del país.